O organograma da PROPESQ é estruturado de forma hierárquica, com a Pró-Reitoria de Pesquisa no nível estratégico, responsável pela coordenação geral das atividades. Vinculada diretamente à Pró-Reitoria está a Secretaria Administrativa, que presta suporte às ações institucionais.
A estrutura operacional é composta por seis coordenadorias, conforme a PORTARIA GR/UFRPE Nº 619/2025, DE 2 DE JULHO DE 2025:
COPESQ (Coordenadoria de Apoio e Fomento à Pesquisa),
CGPRODI (Coordenadoria da Gestão de Projetos, Produção e Informação Científica),
CMULTIS (Central Multiusuária e Prestação de Serviços),
CENAPESQ (Coordenadoria do Centro de Apoio à Pesquisa),
CPIBIC (Coordenadoria dos Programas de Iniciação Científica),
CDPESQ (Coordenadoria de Mapeamento de Demandas Socioambientais e Pesquisa Aplicada).
Cada coordenadoria possui seções específicas, responsáveis pela execução das atividades, garantindo a organização, a especialização das funções e a eficiência na gestão da pesquisa na UFRPE.